Beim Spiel im lokalen Netzwerk oder über das Internet entfalten sich in Rise of Atlantis die Möglichkeiten unterschiedlichster Spielstile. So läuft die Interaktion zwischen den Spielern nicht zwangsläufig auf Expansion und Krieg hinaus. Der Handel mit begehrten Rohstoffen oder magischen Artefakten kann den Einfluss eines Spielers ebenso erhöhen wie die Erforschung altertümlicher Relikte oder die Ausbildung mächtiger Magier und Anführer. Zudem gibt es noch subtilere Mittel um den Konkurrenten zu schaden: Sabotage und Spionage durch verdeckt handelnde Einheiten können auch den stärksten Gegner empfindlich treffen.

Zudem sorgt die Bedrohung durch die Atlanter im Verlauf des Spiels für eine Umverteilung der Machtverhältnisse: Die  vorherrschenden Spieler werden durch diese neue Macht am stärksten bedrängt werden. Kleinere Fraktionen können jedoch durch Kollaboration mit den Atlantern zu neuer Stärke gelangen. Wenn sie sich verdeckt oder offen auf die Seite der Atlanter stellen, werden sie durch fortschrittlicher Ausrüstung oder Ressourcen, bis hin  zur Entsendung  überlegener Truppen der Atlanter  unterstützt.

Diese Szenarien von Treue und Verrat werden durch das Konzept der asynchronen Diplomatie spannender gemacht. Diplomatische Bündnisse sind jederzeit einseitig aufkündbar, auch vermeintliche Verbündete können somit plötzlich zu Feinden werden, wenn sie die Gunst der Stunde ausnutzen wollen.

Rise of Atlantis spricht auf diese Weise gleichermaßen fortgeschrittene Spieler und Strategie-Neulinge an. Auch vergleichsweise schwache  Fraktionen können am Ende das Spielgeschehen entscheidend beeinflussen. Stärkere Spieler wiederum werden mit besonderen Einheiten, Zaubern und sogar alternativen Enden belohnt, wenn sie sich sowohl gegen die Atlanter als auch gegen deren Verbündete durchsetzen können.
Da diese komplexe Spielmechanik ein genaues Abwägen der einzelnen Parameter erfordert, werden bei Rise of Atlantis genetische Algorithmen zum Balancing verwendet. So können schon vor dem Beta-Testing Exploits objektiv erkannt und entfernt werden.

Natürlich fehlt nicht die Möglichkeit, das Spiel offline in einem Tutorial zu erproben. Auch können KI-Gegner den Platz von menschlichen Mitstreitern einnehmen. Für einen höheren Langzeitspielspaß kann neben der „Atlantis“-Kampagne ein freies Spiel ohne Rahmenhandlung gestartet werden.