Genau wie andere moderne Strategietitel wird Rise of Atlantis zeitgemäße 3D Grafik verwenden, um die Spielwelt darzustellen. Jedoch werden neue Lösungsansätze verwendet, um die zweidimensionale Spielfläche dreidimensional abzubilden.

Zum einen erleichtert eine einfache Navigation die Orientierung. Zum anderen wird die 3D Grafik gezielt dazu verwendet, das gesamte Spielgeschehen in eine Spielansicht zu integrieren. Altbekannte Elemente wie Fenster zur Einheiten- und Stadtverwaltung, Minikarten und Inventories werden dadurch überflüssig. Der Spieler kann jede Aktion durch ein oder zwei Klicks in der Hauptansicht auslösen und verzettelt sich nicht in Untermenüs und Dialogfenstern. Durch stufenloses Zoomen kann er einzelne Einheiten, Städte oder Provinzen verwalten und sich ebenso bei Bedarf  eine Übersicht über größere Landstriche oder den ganzen Kontinent verschaffen.

Rise of Atlantis verzichtet auf das direkte Management von Spielfeldern, Städten oder Ressourcen. Die gesamte Manipulation der Spielwelt erfolgt über das Erteilen von Befehlen an die Einheiten des Spielers. Kontextsensitiv werden jeder Einheit alle möglichen Aktionen wie Bewegung, Ressourcenabbau oder Kampf angeboten. Somit hat der Spieler niemals das Gefühl, dass ihm eine mögliche Option entgeht, oder dass er bestimmte Befehle erst  entdecken kann, wenn er das Handbuch von vorne bis hinten durchgelesen hat.
Oberstes Ziel ist also ein einfaches und übersichtliches Interface und dadurch eine Beschleunigung des Spieltempos. Ein modernes Interface ermöglicht den Zugang zur komplexen Spielmechanik, wodurch das Spiel den Bedürfnissen heutiger Spieler in punkto Optik und Bedienbarkeit gerecht wird.